In 1991 is restaureerde Kneppers de Waalse Kerk. De kerk verkeerde in slechte staat: verzakking veroorzaakte scheurvorming in de gevels en kolommen in de zandstenen. De fundering was door de slecht uitgevoerde verbouwing in 1885 te zwaar belast. Tevens is bij de restauratie van 1885 de kap niet goed hersteld en was de verbinding tussen de kapconstructie en de trekbalken niet in orde. Het gevolg was dat de noordgevel naar buiten en de kolommen naar binnen werden gedrukt.

De restauratie bestond uit het herstellen van het evenwicht in de kap en het oorspronkelijke krachtenspel. Hiertoe is de aanwezige vloer gesloopt en een nieuwe vloer aangebracht die zelfstandig is gefundeerd. Het behoud van de akoestiek stond hierbij centraal; het gebruik van de kerk voor concerten en opnames van klassieke muziek heeft landelijke bekendheid gecreëerd. Tevens zijn de stijlkamer en het glas-in-lood volledig gerestaureerd.